Конструкция "и да" действительно встречается в текстах, причем с разным (ещё не устоявшимся) графическим оформлением. Обособляется запятой, но часто и тире, что означает паузу в речи.

Каков смысл конструкции?

Возможно, это размышление о справедливости последующего высказывания и решение о том, что мысль является верной: и да, действительно, несомненно, я в этом уверен.

Другой вариант ― возвращение к мысли собеседника и подтверждение её.

Примеры:

И да, вы совершенно правы, все это может плохо закончиться.

Икона ― это подобие, это изображение, которое никогда не может быть совершенным, потому что изображение никогда не может совпадать с полнотой реальности, но достаточно реально, чтобы ударить нас в душу и ― да, приобщить нас к тому опыту, который вписан, врезан в эту икону.

Он опять оказался первым, ― упрямо повторил Натан, ― хотя и да: безоглядным и безрассудным.

Я принимаю все свои главные решения сердцем и ― да, с помощью интуиции.

И, да, я ее использую )))